Взаимовыгодное сосуществование видов часто встречается в природе, и трудно провести грань между ним и настоящим одомашниванием. Считается, что один вид одомашнил другой, когда «хозяева» на протяжении многих поколений деятельно заботятся о «питомцах», получая от них выгоду. За это время естественный отбор успевает придать «питомцам» черты, закрепляющие их отношения с «хозяевами».
Так, некоторые муравьи одомашнили тлю. Они защищают «питомцев» от хищников, хранят их яйца в муравейнике, переносят тлю к съедобным для них растениям. Когда колония муравьев мигрирует, она берет тлю с собой. Взамен «животноводы» питаются сладкими выделениями своих подопечных.
Рыбы вида Stegastes diencaeus (на фото выше) одомашнили водоросли, которыми питаются, и похоже, ракообразных из рода мизид. У рыб есть водорослевые «плантации», с которых они всех прогоняют. А вот мизид «фермеры» оберегают от хищников. Биологи полагают, что мизиды удобряют водорослевые «плантации» своими фекалиями.