Почему микрофлору так назвали, ведь микробы не растения?

Это дань традиции

С античных времен природу делили на три царства: минералы, растения и животные. Когда были открыты бактерии, их отнесли к растениям ввиду явного их отличия от двух других царств. Тогда и возникло понятие «микрофлора». В него включали также микроскопические грибы, поскольку все грибы в то время считались растениями.

Во второй половине ХХ века бактерии и грибы выделили в самостоятельные царства, причем грибы оказались более близкими родственниками животных, чем растений. Но термин «микрофлора» остался в ходу. Одноклеточные организмы с явно «животным» поведением (амебы, инфузории) сразу по открытии были причислены к животным и никогда не включались в микрофлору.