Потому что оно было с травами
Название такого вина происходит от слова «зелие» — «трава» или «злак», поскольку это было хлебное вино (крепкий спиртной напиток, а не вино в современном понимании) с добавлением душистых трав. Зеленый цвет не имел отношения к делу, поскольку само слово «зеленый» появилось в русском языке позже, чем сочетание «зелено вино».