Потому что находятся на разной высоте
Из-за трения ветер у земной поверхности примерно вдвое слабее, чем на высоте 500 метров. А из-за действия силы Кориолиса, связанной с вращением Земли, с ростом высоты ветер меняет направление. Поэтому облака движутся с разной скоростью на разной высоте, в некоторых случаях — навстречу друг другу.