Потому что так делали в довоенном немецком кинофильме
Режиссер Фриц Ланг снял в 1929 году картину Frau im Mond (в советском прокате «Девушка на Луне») по мотивам романа Жюля Верна «Из пушки на Луну». Герои там должны были стартовать к спутнику Земли не в ядре, а в ракете.
Чтобы добиться максимального напряжения, режиссер и придумал обратный отсчет. Фильм был очень популярен в Германии, и немецкие ракетчики, которые как раз испытывали на полигоне Ракетенфлюгплац свои первые ракеты, стали пользоваться таким отсчетом.
Отрывок из фильма «Девушка на Луне»
Сначала это было просто ритуалом, но с усложнением комплексов у него появилась и технологическая функция: на стартовой площадке работало много людей, и каждый на определенный счет выполнял свою операцию (что, впрочем, к обратному отсчету отношения не имеет).
В конце войны немецкие ракетчики оказались в плену, и из них были сформированы первые стартовые команды и в СССР, и в США. В частности, в Советском Союзе на начальном этапе запусками командовал бывший командир ракетной зондеркоманды капрал Фибах, которого Сергею Королеву удалось переманить из английской зоны оккупации. Так естественным путем немецкая традиция была перенята и русскими, и американцами.