По ассоциации
Упоминание о блохах и прочих паразитах навевает мысли о поношенной одежде, всяких лохмотьях и рухляди. Скорее всего, по этой ассоциации парижане и прозвали Блошиным рынком (Marché aux puces) то место, где можно было купить подержанные вещи с риском подцепить блох.
Из французского это словосочетание проникло в другие языки, хотя подобные рынки издавна существовали во многих странах.